药学院始终把“向科研要质量，以质量求发展”作为工作之本。“十三五”期间，学院在基础科研、产学研合作、平台建设、社会服务等方面显著提升，在学校发挥引领示范作用。
“十三五”期间，学院共成功申请国家自然科学基金126项，以院教师为主持人或主要参加者的研究项目获得国家科技进步二等奖1项，SCI论文的发表数量和质量逐年提高。学院积极提升社会服务能力，着力引导“政-产-学-研-用”一体化，共建校企实验室15个；扎实推进产业化和技术服务研究，承担的一致性评价服务项目数十项，积极响应国家推进供给侧结构性改革方针政策；教师产业化产量丰富，共完成专利授权167项，专利转让及专利许可16项，转让金额达1197万。
2018年至2021年，学院纵向到账总经费约11642万元，横向到账总经费约15202万元，充分体现各学科在承担国家重大科研项目上所具备的竞争实力和科研能力，同时也为我院重点学科的发展提供了坚实基础和可靠保证。
“十四五”时期，学院将继续全面提升科学研究水平。推动现有平台的专业升级，建立整合型创新药物研究团队，以现有团队为基础，突破专业壁垒和PI各自为战的局限性，按照创新药物研究项目的需求，集聚不同专业的顶尖人才，建立整合型创新药物研发团队，构筑药学院的创新引擎，以创新为驱动，全力推进原创药物的研究和开发。
依托优势资源，汇聚顶尖人才和创新项目，以“新药创制+生命健康”为导向，建立整合型创新团队，聚焦于肿瘤、代谢性疾病、心脑血管疾病等慢性、复杂性疾病，突破若干新靶标发现与确证及原创药物发现的颠覆性理论与技术，共同推进自主性创新药物（Best-In-Class, First-In-Class）研究，加速科技成果转化，孵育一批具有自主知识产权和国内外领先的创新药物和高端制剂。
以学校“双一流”建设和国家“两个一百年”为契机，全面深化“政产学研用”协同创新，不断提升社会服务能力。深化中国药科大学（杭州）创新药物研究院、重庆中国药科大学创新研究院等创新载体建设；完善玄武门校区“华海高端制剂联合中心”建设，扎实推进“天津天士力” 、“中国药科大学--新华制药创新药物及高端制剂联合研究中心”、“新华制药--中国药科大学重大公共安全及应急用药研发创新中心”等产学研平台建设；多地区建立校企联合实验室，促进校内外研究力量的融合和资源集中共享，吸引企业投入和全方位合作，扩大学院社会影响力。
